近年來，本草物質組計劃的提出備受業界關注，得到了國內相關研究機構的肯定，也使得中藥行業為之振奮和鼓舞。本草物質組計劃是針對中藥研究所面臨的問題而提出的，這些問題包括：多組分、多靶點、整合調節理論尚未得到系統驗證；中藥研究技術和產品不標準；中藥物質基礎和作用機理仍不清晰；標準化的中藥組分資源和信息資源匱乏。本草物質組計劃就此提出要依靠現代科技手段，通過方法學和關鍵技術上的創新和發展，對本草物質基礎進行系統、深入的解析。分離材料的研發是高通量制備與表征的基礎，大力發展基質材料，并在基質材料的基礎上設計多種新型的、系列的功能分離材料以適應中藥復雜體系的分離分析要求，去解釋中藥為什么能治病，這無疑是一條可能會在中藥研究上取得突破的道路。必須掌握所有中藥的物質信息，清楚所有的靶點以及靶點之間的生理、病理特別是與中醫疾病、證候的關系。最后要解決的還是中藥的療效問題，研究結果無非是對療效的闡明而已。
　 而要達到這個目標首先應該解決的核心問題是：必須掌握所有中藥的物質信息，清楚所有的靶點以及靶點之間的生理、病理特別是與中醫疾病、證候的關系。最后要解決的還是中藥的療效問題，研究結果無非是對療效的闡明而已。
　　實際上，所有關于中藥現代化、國際化的話題都是圍繞著中成藥展開的，并不涉及傳統的臨床中藥，但后著正是中醫藥的精華所在。從某種意義上說，中成藥不能代表中藥，至少不能代表中醫藥理論的核心和特點，甚至其是否屬于傳統中藥都尚需討論。比如，傳統的臨床中藥離不開臨床辨證、因人施治，其間的變化和差異很大，非中醫醫師是不能開出臨床處方的，但現在相當數量的中成藥為非中醫醫師所使用，沒有中醫藥理論，不知道處方和劑量，當然不能達到因人施治的目的。本草物質組計劃的基本設想是一切處于“假定不變”的前提之下，但實際上，疾病及其發展過程是千變萬化的。
　　讓世界了解中藥、接受中藥是一件造福人類的好事，有人質疑中藥也不需要因此而寢食不安，關鍵是應該把中藥的事做好，即做好自己的事，首先造福中國人民，這是第一位的。就中成藥而言，已經上市的產品有幾千種，現在應繼續說明那些藥品可以被認為是中藥，有什么效果，怎樣制備才合理，能夠控制什么檢測指標，不能檢測的如何控制質量，治療何種疾病，以及可行的中藥評價模式是什么等，其意義可能大于對中藥為什么能治病的解釋。如果不能說明以上問題，可能就應該將相當數量的中成藥從市場中清理出去。